Os anos 90 foram pródigos para a Arte e a Cultura nacionais. Destacam.se eventos como a Europália (1992), a abertura do Museu de Arte Contemporânea de Serralves (1999), a Expo98 (1998), Porto Capital Europeia da Cultura (2001)

Em 1993 Fernando Santos inaugurou no Porto a Galeria em nome próprio que viria a tornar-se numa das mais emblemáticas da cidade do Porto e do país e por onde os grandes nomes nacionais e internacionais da Arte e da Cultura passaram. A primeira exposição deste novo espaço da cidade foi dedicada ao trabalho de Júlio Resende.

Em Janeiro de 1994 a Galeria apresentou a exposição de esculturas em prata com obras da autoria de sete artistas portugueses e em Fevereiro a exposição de pintura de Antonio Seguí. Seguiu-se em Abril a exposição de pintura de Darrocha e am Junho do mesmo ano a mostra de pintura de Sobral Centeno. A rentrée, em Setembro, fez-se pela mão de Cristina Ataíde e o ano expositivo fechou com a pintura de Alan Davie que inaugurou exposição em Novembro.

O ano de 1995 inaugurou em Janeiro com uma exposição de pintura de Isabel Pavão, seguindo-se uma outra, em Fevereiro, de Guilherme Parente. A primeira exposição de pintura de Nikias Skapinakis na Galeria Fernando Santos dá-se em Abril, a de René Bertholo em Julho e a rentrée é marcada pelo lançamento do álbum Fetiches de José de Guimarães em Setembro. Nessa altura a galeria inaugura a exposição colectiva de pintura internacional com obras de Appel, Brown, Ceccobelli, Chia, Kostabi, Lanskoy, Lindstrom, Penck, Rosenquist, Rotella, Sol Lewitt, Stella, Van Iersél. Outubro é marcado pela inauguração da exposição de pintura de Pat Andrea e em Novembro, a fechar o ano, Armando Alves apresenta a sua exposição de pintura.

Em 1996 a Galeria Fernando Santos abre novo espaço em Lisboa e as exposições apresentadas no Porto transitam depois para a capital. O ano ficou marcado, em Março, pela exposição de pintura e escultura de A.R.Penck e em Abril pela exposição de pintura do artista espanhol Antonio Saura (que foi posteriormente apresentada em Lisboa). A mostra de pintura de João Vieira inaugurou ao público em Maio, Junho foi o mês da exposição de pintura de Catherine Lopes Curval e o ano findou com a exposição de pintura da artista Isabel Pavão em Novembro.

O ano expositivo de 1997 arrancou com a exposição de pintura dos artistas representados na ARCO’97: Antonio Saura, Antonio Seguí, A. R. Penck. Seguiu-se em Abril a primeira exposição de obra recente de Karel Appel na Galeria Fernando Santos e Junho ficou marcado pela inauguração da exposição de pintura e escultura “Cuatro Artistas de Galícia”: Menchu Lamas, Anton Lamazares, Anton Patiño, Manolo Paz. Esta ligação com Espanha consolidou-se com a primeira apresentação na Galeria de uma exposição de pintura de obra recente de Antoni Tàpies, artista com quem a galeria trabalhou até ao seu desaparecimento. Em Novembro a exposição de pintura de Pedro Portugal “Portugal Comic Book” foi inaugurada na Galeria, fechando desta forma o ano de 1997.

Em Janeiro de 1998 a Galeria Fernando Santos abriu ao público a exposição de desenhos das décadas de 70 e 80 de Vítor Pomar. No mês seguinte é a vez de Jorge Martins apresentar a sua pintura mais recente, enquanto em Abril desse ano Nikias Skapinakis apresenta a exposição de pintura “Série Cartazes – 1993-1998”. Já Maio viu ser levada ao público português a exposição de pintura e escultura de Adolfo Estrada. Junho assistiu a uma das mais criativas exposições apresentadas pela Galeria Fernando Santos; a exposição “Arte no Tempo – 12 Artistas 12 Relógios”. A rentrée ficou marcada pela exposição de pintura do artista italiano Enzo Cuchi. Em Novembro a pintura de René Bertholo regressa à galeria e o ano expositivo termina com uma mostra de pintura do pintor Manuel Amorim em Dezembro de 1998.

Em Janeiro de 1999 a Galeria Fernando Santos apresentou ao público a a exposição de obra recente da artista espanhola Carmen Calvo, à qual se seguiu, em Março, a exposição de pintura de Rui Serra. A exposição de pintura de Ilda David inaugurou no mês de Maio e em Junho a galeria acolheu a mostra colectiva “Colectiva de Verão – Artistas da Galeria”. O regresso em Setembro ficou marcado pela exposição de obra recente de Jaume Plensa e Novembro findou o ano expositivo com a exposição de pintura de Fátima Mendonça.

Em Janeiro de 2000 a Galeria inaugurou a exposição de pintura de Jorge Galindo, sendo que a esta se sucedeu a exposição, também de pintura, da artista Cristina Valadas. Em Abril duas exposições foram apresentadas na Galeria: a exposição de pintura de Joana Rêgo e a exposição de homenagem a René Bértholo e ao Grupo KWY, por ocasião da Exposição Antológica do artista no Museu de Serralves. Maio de 2000 assistiu à inauguração da exposição de pintura de Juliana Schnabel e Julho foi o mês em que a mostra “Fausto” de Ilda David inaugurou na Galeria Fernando Santos.

A rentrée fez-se pela mão de Rocha da Silva com a inauguração da sua exposição de pintura a que se seguiu a exposição de pintura “Alice in Wonderland” de Isabel Pavão no mês de Outubro. O ano fechou com a inauguração de uma exposição colectiva de artistas da galeria em Dezembro.

O ano de 2001 começou com uma exposição um pouco diferente daquelas a que a galeria nos havia habituado. Tratou-se de “Videotrónica”: Instalação de vídeo da autoria de 14 jovens artistas portugueses (Fernando Brito, Eva Mota, Paulo Abreu, Fernando Brito, Pedro Cabral Santo, João Vinagre, Pedro Portugal, Marina Reker, Ricardo Valentim, Marta Wengorovius, Rui Lima Antunes, Manuel Vieira, Rui Valério, Miguel Soares, Susana Guardado) que inaugurou em Janeiro. em Fevereiro a Galeria Fernando Santos apresentou ao público a exposição colectiva constituída por obras da autoria dos artistas presentes na ARCO’01, Feira Internacional de Arte Contemporânea de Madrid, a que se seguiu em Março a exposição de pintura de René Bertholo de seu nome “Confusões”. Em Maio de 2001 inaugurou a exposição de pintura recente de Jorge Martins e em Junho a de pintura e multimédia “25 Pinturas Sintéticas 25” de Pedro Portugal.

Setembro assistiu à inauguração da exposição Multimédia de William Engelen, no contexto do intercâmbio de Galerias de Roterdão e Porto 2001 – Capitais Europeias da Cultura. Foi também nesse mês que a galeria inaugurou a exposição “Navegadores” de pintura de Costa Pinheiro. A exposição colectiva de artistas da Galeria inaugurou em Novembro e em Dezembro Joana Rêgo inaugurou a sua segunda exposição de pintura com o título “Consequências”.

A segunda exposição do artista espanhol Antoni Tàpies na Galeria Fernando Santos inaugurou em Janeiro de 2002. A esta exposição de obra recente seguiu-se a de pintura recente de A.R.Penck em Março e a de pintura intitulada “Retratos de Ausência 1999-2002” de Nikias Skapinakis em Abril. Junho foi o mês de inauguração da exposição colectiva de 12 artistas internacionais: Arman, A. R. Penck, Antoni Tàpies, Antonio Saura, Carmen Calvo, Cisco Jiménez, Jaume Plensa, Jorge Galindo, Julian Schnabel, Markus Lupertz, Rainer Fetting, Santiago Ydáñez e em Setembro a exposição de pintura e escultura recente de Jan Voss inaugurou a rentrée. O ano expositivo de 2002 fechou com a exposição de pintura recente de Ilda David em Novembro.